本片讲述了四只忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，并联手对抗最强敌人的故事达伦·克里斯配音忍者神龟拉斐尔，SNL的凯尔·穆尼配音米开朗基罗，特洛伊·贝克配音蝙蝠侠和小丑，蕾切尔·布鲁姆配音蝙蝠少女，布莱恩·乔治配音管家阿尔佛雷德。